怎么查上下游基因，如何寻找基因的上下游序列

如果知道基因PCR引物的上下游片段,如何获得基因的全长?

最重要的是引物设计，首先要弄清楚你要扩增基因的大小，如果特别的长，那就需要做拼接PCR，再有就是要设计特异性好的引物以防止非特异的出现，对于这一点可以去NCBI做PRIMER BLAST。

第n个循环等长片段为2^n-每个等长片段（以及一个不等长片段）需要1个对应引物，某种引物2^n-1_CR技术是DNA扩增技术，它能在比较短的时间内产生大量的DNA。在获取目的基因后才使用PCR技术。_竦媚康幕虻姆椒ǎ？_弧⒐菇ɑ蛭目？_崛∽_NA。

-RACE受到诸多因素的影响而常常不能获取全长，因此研究者都着手改进它。

在进行PCR实验时，确定PCR产物的大小是一个关键步骤。一个有效的方法是使用NCBI（美国国家生物技术信息中心）的BLAST工具。首先，你需要登录NCBI网站并找到BLAST功能。接着，输入一段引物序列，点击搜索。BLAST工具会返回一系列与该引物匹配的基因。重复上述步骤，用另一段引物序列进行BLAST。

怎么用双突变体确认两个基因的上下游关系

有性生殖中基因组合的广泛变异能增加子代适应自然选取的能力。有性生殖能促进有利突变在种群中的传播。如果一个物种有两个个体在不同的位点上发生了有利突变，在无性生殖的种群内，这两个突变体必将竞争，直到一个消灭为止。

一个顺反子就是一段核苷酸序列，能编码一条完整的多肽链。现代分子生物学文献中，顺反子和基因这两个术语是互相通用的。一般而言，一个顺反子就是一个基因，大约1500个核苷酸。它是由一群突变单位和重组单位组成的线性结构（因为任何一个基因都是突变体或重组体）。

纯合子是指成对等位基因完全相同，而杂合子的两个等位基因各不相同。显性等位基因会掩盖隐性等位基因的性状表现。某些成对基因呈现共显性，没有显隐性关系。人类ABO血型系统是一个典型例子，AB血型个体同时携带决定A和B的等位基因。

在一个个体里，某个基因的基因型是由该基因所拥有的一组等位基因所决定。例如，二倍体生物，也就是每条染色体都有两套的生物，两个等位基因决定了该基因的基因型。位于一对同源染色体的相同位置上控制某一性状的不同形态的基因。不同的等位基因产生例如发色或血型等遗传特征的变化。

亲子鉴定是利用现代生物技术和相关技术手段，通过提取血液、毛发、口腔上皮细胞等人体任何组织样本进行分析，最终确定当事人身份、血缘等关系（母子/父子等）的一种鉴定方式。

基因转录本的上下游对哪个位置而言

此外，基因的转录起始位点是RNA聚合酶开始合成mRNA的起点，而TATA盒通常位于该位点的上游-25至-30个碱基的位置。尽管“上游”和“下游”在描述中是基于物理位置的，但这并不影响我们在研究基因调控机制时，将这些序列视为潜在的调控元件。

基因转录本的上下游对哪个位置而言 我们接着来，在Limits这个界面，先选取查询的限定范围：先选Gene name（基因名称）；然后再选取Limit by Taxonomy（生物分类限定）中的Homo sapiens（人类），然后再点击“GO”。直接点击基因名称“VEGFA”就可以看到有关基因的信息了。

基因在染色体上的位置，可以用上下游的概念来描述。简单来说，如果一个基因位于染色体上靠近起始子（即表达的起点）的位置，我们就称其为上游基因。起始子是染色体表达过程中的关键区域，含有启动转录的特定碱基序列，启动复制和转录活动。

在典型的基因中，基因上游指的是编码链的5端位置。这一概念通常用来描述与RNA聚合酶结合的区域，因此包含了启动子等非编码区序列。启动子位于基因上游，是调控基因转录起始的关键区域。基因上游具体是指DNA链中能够与RNA聚合酶结合的那部分，而RNA的转录则是从模板链的3向5方向进行的。

3个基因的上下游关系怎么判断?

比较A　B两基因的上下游关系：A基因单突变体的表型＝（A＋B）双突变体的表型，则A基因是下游基因，B基因是上游基因。

具体来说，基因的5端被称为上游，3端被称为下游。在基因序列中，从转录起始位点开始，向5方向编号为负数，如-1，-2等，而向3方向编号为正数，如+1，+2等。例如，TATA盒（一段含有TATAAA序列的区域）通常位于转录起始位点的上游-25至-30个碱基的区域。

Q：怎么用双突变体确认两个基因的上下游关系？ A：双突变体（A+B）为单突变体A的表型，则基因B在上游。 总开关是下游 。

可以测序来区分的。在启动子上游设计引物，进行测序。但是一般目的基因都是在启动子下游的，要不然没法启动翻译的。

若需下载基因序列的上下游序列，建议选取GENBANK格式。在GENBANK页面，调整“Change Region Show”框中的数字，以指定下载序列的长度和范围。确保方向正确，并通过GENBANK基因详细信息的区域坐标判断基因所在链。发送并下载数据：点击页面右侧的“Send to”选项。

使用核酸酶：某些核酸酶可以识别并切割3端非编码区的序列，这可以帮助你确定该区域的起始位置。 借鉴基因组序列：如果你的序列来自一个已知基因的编码区，你可以借鉴该基因的基因组序列，以确定3端非编码区的位置。

如何从NCBI下载基因序列

从NCBI下载目的基因的mRNA序列的保姆级教程如下：访问NCBI网站：打开浏览器，搜索“NCBI”。点击搜索结果中的“National Center for Biotechnology Information”官方网站。搜索目的基因：在NCBI主页上，选取“Gene”选项卡。在搜索框中输入你的目的基因名称，例如“duck CD6”。点击“Search”按钮进行搜索。

访问NCBI官方网站并登录。 在搜索框中输入您的目标物种名，例如“Elytraria imbricata”。 在搜索选项中选取“Nucleotide”。 使用高级搜索选项，填入物种名并选取“ITS”或“ITS1，ITS2，8S，rDNA”作为搜索关键词。 搜索结果出现后，找到对应的基因序列。

首先，打开浏览器并搜索NCBI，点击“nation center for biotechnology information”。接着，在NCBI主页上，选取“Gene”，在搜索框输入你的目的基因，如鸭子的CD6，点击“Search”。在搜索结果中找到并点击与你要找的物种对应的基因。进入基因页面后，找到“GenBank”并点击。

首先，我们打开NCBI官方网站页面，在页面上方搜索框中，选取要下载的基因序列类别，这里我们需要选取“Nucleotide”选项。下面，我们就需要输入具体的名称了，这里我输入的是Kinase，代表一种酶，然后点击“search”按钮，即可出现搜索结果。点击进入所需要的搜索结果，在页面中左侧，点击“FASTA”按钮。

选取下载FASTA或GENBANK格式的序列，NCBI提供不同人类基因组版本供选取。若需下载基因序列的上下游序列，点击“GENBANK”选项。对于上下游1000个碱基的下载，需调整“Change Region Show”框中的数字，确保正确方向。

一句话知识点:基因上下游关系确定

Q：怎么用双突变体确认两个基因的上下游关系？ A：双突变体（A+B）为单突变体A的表型，则基因B在上游。 总开关是下游 。

比较A　B两基因的上下游关系：A基因单突变体的表型＝（A＋B）双突变体的表型，则A基因是下游基因，B基因是上游基因。

所谓的基因在染色体的上游是指一段基因位于靠近染色体表达起点（起始子）的位置；同理，下游则表示基因在靠近染色体表达终点（终止子）的位置。染色体上有特定的碱基组合作为起始子，在核酸翻译和复制时，会从起始子位置开始表达；也有特定的碱基序列作为终止子，遇到这样的碱基序列，染色体表达将会终止。